Nueva técnica para secuenciar el microbioma

Recientemente mi tesis de maestría fue publicada en la revista internacional BMC Biology y aquí les comparto una breve descripción de la investigación y la importancia de la nueva técnica que desarrollamos para secuenciar el microbioma cervicovaginal.

El virus del papiloma humano, el microbioma y cáncer cervical

Es conocido que infecciones por el virus del papiloma humano resultan en cáncer cervical, y además del virus, existen otros marcadores que pueden indicar el progreso de la infección a la enfermedad. Varios estudios han demostrado que el microbioma cervicovaginal puede ser uno de estos marcadores. Por ejemplo, en condiciones normales, el microbioma es abundante para las bacterias del género Lactobacillus y tiene baja diversidad, es decir que hay pocas bacterias de otro género. Mientras que en una infección o en cáncer cervical, la abundancia de los Lactobacillus disminuye y otras bacterias patógenas crecen fácilmente y el microbioma por ende se vuelve más diverso.

Uno de los problemas con investigar el microbioma y en saber cuales bacterias en realidad están asociadas con la enfermedad es la resolución que tiene la técnica de secuenciación. La mayoría de las herramientas de secuenciación que detectan a las bacterias son únicamente de capaces de discernir con alta precisión el género del microorganismo. Es decir, que para ciertas bacterias, estas técnicas solo pueden decir si son de un determinado género como lo son Lactobacillus o Gardnerella. Sin embargo, hay especies particulares que se saben están relacionadas con salud y enfermedad. La especie Lactobacillus crispatus es la bacteria comúnmente encontrada en condiciones de salud, mientras que la especie Gardnerella vaginalis se asocia más a infecciones y enfermedades.

Secuenciando en alta resolución el microbioma

Para solucionar este problema, nuestro equipo de investigación en el Departamento de Microbiología Médica del Radboud Institute for Molecular Life Sciences desarrolló la técnica Circular-probe based RNA sequencing (CiRNAseq). Este método utiliza sondas circulares que se unen al ADN o ARN ribosomal de los microorganismos y con ello permite detectar las especies conocidas en el microbioma cervicovaginal.

En el estudio demostramos que la técnica funciona muy bien al secuenciar microbiomas cuando usamos una muestra con una mezcla de bacterias y al compararla con el método que actualmente se utiliza para secuenciación. Igualmente, CiRNAseq es capaz de detectar especies en muestras vaginales. Además, al comparar muestras que eran negativas o positivas para el virus del papiloma humano, observamos ese cambio en diversidad y especies que ya ha sido descrito en estudios anteriores.

En resumen, nuestra técnica es una gran herramienta para estudiar el microbioma cervicovaginal y su asociación con el virus del papiloma humano. Actualmente, usando esta método, estamos estudiando comunidades microbianas y el progreso de las infecciones con un mayor número de muestras. Si te interesa leer más sobre el estudio completo, clic aquí.

Andralojc, K.M., Molina, M.A., Qiu, M. et al. Novel high-resolution targeted sequencing of the cervicovaginal microbiome. BMC Biol 19, 267 (2021). https://doi.org/10.1186/s12915-021-01204-z